El 20 de septiembre de 1519, las cinco naos se alejaban de la costa de Sanlúcar de Barrameda con Fernando de Magallanes al mando; comenzaba la aventura. Sin embargo, se debe retroceder para poder conocer todos los detalles del origen de esta expedición.
Años antes de que la propuesta de expedición fuese aceptada, Fernando de Magallanes intentó convencer al Rey Manuel I de Portugal de su idea de expedición: llegar a las islas Molucas por Occidente. Como se habrá podido deducir, el monarca portugués rechazó la propuesta, y tras sentirse infravalorado, Magallanes decidió partir a España con la intención de realizar su expedición. Al no querer que su plan fuera rechazado por segunda vez, contactó con un prestigioso cosmógrafo e importantes valedores. Fue así y solo así cuando Carlos I escuchó la propuesta de llegar al mar del sur (mar pacífico) descubierto cinco años antes y así poder arrimar a las islas de Molucas, famosas por sus especias.
Solo una afirmación, atractiva y no del todo fiable, de que las islas Molucas estaban dentro del territorio español definido por el Tratado de Tordesillas convenció a Carlos I de España de poner a Fernando de Magallanes al frente de una flota. En marzo de 1518 se firmaron las capitulaciones entre el Rey de España y el marinero portugués, además se establecieron los objetivos y obligaciones a cumplir, como también las recompensas, que fueron entregadas a los pocos supervivientes que retornaron a España tres años y veintiocho días después.
A principios de septiembre de 1519, comenzaba la cuenta atrás. La escuadra partió de Sevilla hacia el puerto de Sanlúcar de Barrameda (Cádiz), navegando el río Guadalquivir. Fue el puerto del Océano Atlántico el que sería el punto de partida y donde tres años más tarde llegarían los supervivientes.
La flota de unos 250 tripulantes se dividió en cinco naos: Trinidad, Concepción, Victoria, San Antonio y Santiago. Las naos estaban capitaneadas, al principio, por Gaspar de Quesada, Luis de Mendoza, Juan de Cartagena y Juan Serrano. Organizadas todas las naves y teniendo reservas de comida para dos años, la expedición estaba lista para zarpar. Y así lo hicieron, el 20 de septiembre se alejaron del puerto de la ciudad de Cádiz para embarcarse en la expedición que iba a cambiar la forma de ver el mundo.
Sin ningún contratiempo, las cinco naves decidieron hacer la primera escala en Tenerife, Canarias; y fue en ese momento en el que empezaron los primeros desacuerdos entre los capitanes de las diferentes naves. Aquellas discrepancias tenían todos las papeletas para acabar en un motín. Sin embargo, la tensión de la tripulación se aminoró, por lo que continuaron con la travesía hasta llegar a la Bahía de Santa Cruz, actual Río de Janeiro. Fue una escala obligada, ya que el tiempo y el mar no eran los favorables y, teniendo el miedo en el cuerpo ante un posible naufragio, decidieron parar cuanto antes. Estuvieron varios días, por lo que, sin posibilidad de moverse y en una tierra desconocida, los tripulantes estaban agotando las reservas de comida; un error garrafal, pues les quedaban demasiadas millas para terminar el viaje y completar todos los objetivos que este llevaba implícitos.
