PRIMEROS PROBLEMAS
El primer problema se palpó antes de comenzar la andadura, y es que al mando de la tripulación iba un portugués, causa que enfadó bastante a los hispanos, puesto que la gran mayoría de la expedición era de origen español y se partió desde una ubicación en este mismo territorio. Los españoles no vieron con buenos ojos a este capitán de embarcación y pidieron que el que asumiera el mando fuera un compatriota. Esta problemática, a la larga, propiciaría sendos problemas y disputas que hicieron peligrar la integridad de la expedición y la sintonía existente entre las cinco naos.
Durante la embarcación, no tardarían en llegar las disputas e inconvenientes. En Sierra Leona, Fernando de Magallanes arrestó a Juan de Cartagena, enviado por el monarca hispano para asumir con Magallanes el liderazgo de la tripulación. El motivo del apresamiento fue el cambio de ruta que inició el portugués sin comentar nada a nadie, incluso a Juan de Cartagena, el cual pidió explicaciones y por ello fue encarcelado.